Hełmy wież wraz z dzwonami, dach nad nawami, zakrystię, mały chór i organy zniszczył pożar który 9 czerwca 1759 strawił katedrę świętego Jana Chrzciciela. Hełm na północnej wieży zrekonstruowano dopiero w roku 1912, na południowej, jeszcze później, w 1926.
W obu pożarach płonęły organy, czyli taki rodzaj instrumentu z którego Wrocław był przez wieki słynny. To w tym mieście przyszedł na świat jeden z największych twórców tego instrumentu w historii Michael Engler młodszy.To właśnie jego organy spłonęły w kościele garnizonowym.
Engler i jego instrumenty wywodzą się z wieku XVIII. Także w XX wieku Wrocław mocno wpisał się w historię tego instrumentu. W latach 1911-1913, firma Sauer z Frankfurtu nad Odrą w Hali Stulecia zbudowała największe ówcześnie organy na świecie. Instrument posiadał 222 głosy. Po wojnie Hala wraz z instrumentem została zaniedbana i niszczała. Część głosów została rozkradziona. Zdekompletowane organy trafiły w końcu do Archikatedry Wrocławskiej. Instrument ma dziś 151 głosów.
